幕府時代中期 ，德川中央財政日漸虧空。貪婪的統(tǒng)治者為了聚斂錢財，不惜大肆剝削地方大名的財產(chǎn)和土地
。為達(dá)到監(jiān)控大名的目的
，幕府向地方派出眾多有著“暗影”之稱的密探
 。地方不勝其擾，于是聯(lián)合其他諸藩聘請有著“暗影獵人”之稱的絕世高手狙擊這群來自中央的惡徒。室戶十兵衛(wèi)（石原裕次郎 飾）
、“日光”干武之進(jìn)（內(nèi)田良平 飾）、“月光”日下弦之助（成田三樹夫 飾）三人皆因幕府和暗影成為無主可依的浪人，出于對幕府的憎恨，他們結(jié)成了暗影獵人三人組。但馬國出石藩新發(fā)現(xiàn)的礦藏，引得幕府垂涎 ，幕府為此奸計百出 ，而十兵衛(wèi)率領(lǐng)的暗影獵人和暗影集團(tuán)的戰(zhàn)爭也愈演愈烈……